似たようなことを前にも書いた気もしますが、また面倒な作業があったので書いておきます。
・AdobeFlashを使って、テロップとか入れつつ簡単に編集
・Action Scriptを使わない
・独自プレーヤーでなく動画ファイルで書き出し
という方針で。

【読み込みまで】
DVD変換無双でMac向け高画質H264でMOVに変換（Winマシンでもこれにする）。
AdobeFlash（私はCS3です）の読み込み→ビデオの読み込み。
設定は、SWFにビデオを埋め込み、タイムラインで再生、ビデオを編集しながら埋め込む（で好きな部分だけ同じ動画から何箇所でも）。高品質で読み込み開始。

【テロップ入れなど】
勝手にタイムライン上に読み込まれる。
上に好きなだけテロップ入れる。
ちなみに、制御→再生（ショートカットEnter）だと音声は再生されない模様（これに引っかかった。。サウンドをミュートにするのチェックは無関係。）
「ムービープレビュー」でプレビュー

【書き出し】
書き出し→ムービーの書き出し
ただし、AVIを選んだらなぜか音声が入らない（ここでも時間取られた。。）
で、QuickTimeで書き出したらバッチリ。
FLV系は再生のActionがないとダメみたい。。

【感想】
そもそもなぜこんなコトをしなければいけなかったかと言うと、元々はムービーメーカーのせい。
ようやく使い方に慣れてきたのに、XPとVistaの間でプロジェクトファイルの互換がない！！
私は事務所でXP、自宅でVistaなので、面倒になったわけです。どっちで作業したいか気分次第だし。手元にあった他の動画編集ソフトはそもそもVistaに対応してなかったし。で、手っ取り早くWebサンプルムービー用の環境として整える方法を考えてAdobeFlashでということになったのです。最初はFlash使うのは敬遠してました。昔やった時に、再生プレーヤーみたいなのくっつけてHTMLに埋め込んだので、あとで再編集とかYouTubeのアップとかが面倒になったような記憶があったので。とにかく継続的に作業しない稀発生の作業は、なるべく簡易で永続的な環境かにしなけりゃこちとらやってられないわけです。ふぅ。

ちなみにYouTubeがアップをサポートしてるのは、下記のファイル形式だそうなので参考まで。
（そう思ってAVIにしたのにな。）
.WebM ファイル – Vp8 動画コーデックと Vorbis 音声コーデック
.MPEG4、3GPP、MOV ファイル – H.264、MPEG4 動画コーデック、AAC 音声コーデックを通常サポート
.AVI – 多くのカメラでこの形式を出力、通常は MJPEG 動画コーデックと PCM 音声コーデック
.MPEGPS – MPEG2 動画コーデック、MP2 音声コーデックを通常サポート
.WMV
.FLV – Adobe FLV1 動画コーデック、MP3 音声コーデック

では～。